Separační kompostovací záchody oddělují moč od stolice. Toto rozdělení probíhá již pod sedátkem záchodu. Oddělením moči od stolice se až o 80% zvýší jímací kapacita zásobníku na tuhou složku. Moč se může zachytávat do kanystru nebo svádět do trativodu nebo do odpadu. V případě zachytávání do kanystru se může používat k prolití kompostu nebo po naředění 1:8 k zalévání zahrady. Tuhá složka se po naplnění zásobníku ukládá na kompost.
Výhody: Elegantní vzhled, menší frekvence vynášení oproti shromažďovacím záchodům. Živiny pro rostliny.
Nevýhody: Vyžadují připojení na elektrickou energii. Uživatelé si musí zvyknout na jejich používání. Muži musí i při malé potřebě sedět.
