Separační toalety oddělují tekutý odpad od tuhého. Příčinou toho, že některé toalety zapáchají, je obvykle anaerobní rozklad přemokřené směsi. Oddělení moči od fekálií tak tento problém do značné míry řeší. Množství tuhého odpadu se tak redukuje až o 95% a perioda vynášení se výrazně prodlouží. Tuhý odpad je zachytáván do zásobníku kde dehydruje a po určité době se může použít jako kompost. Moč je svedena do odpadu, vsakovací jámy, kanystru nebo ejektortanku. Na rozdíl od fekálií je moč prakticky sterilní a není proto problém ji po naředění s vodou 1:8  používat přímo  k zálivce zahrady.

Tento typ toalety vyžaduje i po mužích, aby při použití toalety vždy seděli. Toalety mají totiž mísu vybavenou  jímačem moči, který zachytává moč pouze při užívání vsedě.

Televizní pořady - TV NOVA Rady ptáka Loskutáka 17.2.2008 Separační eko-toalety

Modely separačních ekotoalet: